Le microbiote digestif crucial pour la santé des porcelets

Le microbiote intestinal joue un rôle crucial dans la santé et le développement des porcelets.

Il est d’ailleurs très riche : il contient plus de de 1000 millions de bactéries/ml de contenu digestif. Celles-ci sont capable de fournir de l’énergie : on considère que 10 à 20 % de l’énergie assimilable par le porcelet peut être produit par son microbiote !

Dès le plus jeune âge, il faudra donc veiller à sa bonne mise en place et à son entretien.

L’étude du microbiote a été facilitée ces dernières années par le développement de techniques d’analyses du génome couplées à de la bio-informatique. Elles ont permis d’identifier, à partir d’un prélèvement brut de matières fécales, les types de bactéries présentes (Shokralla (1)).

Le microbiote digestif de quoi parlons-nous ?

La caractérisation de ce microbiote est un enjeu majeur si on veut savoir ce dont on parle et pouvoir comparer les études entre elles.

Comment procède-t-on aujourd’hui ? Tout simplement en ayant recours au séquençage, c’est-à-dire à l’étude de « la carte d’identité – du génome » des organismes

• Pour qualifier la partie bactérienne du microbiote, on s’intéresse à l’ARN 16S qui est toujours présent chez les bactéries, suffisamment « conservé » chez toutes mais suffisamment « différent » pour pouvoir regrouper les bactéries en genres.
  
  
• La caractérisation du microbiote bactérien repose sur 2 critères majeurs :
  • La quantification des bactéries,
    
    
  • L’identification de clusters de bactéries ou entérotypes (comparable aux groupes sanguins en humaine).

Evolution du microbiote digestif

Le microbiote commence à se former dès la naissance, lors du passage du porcelet dans le vagin de la mère. Il est ensuite enrichi par le contact avec les tétines, la peau de la truie et l'environnement (Chen (2)). En effet, à la naissance, le tube digestif du porcelet est stérile. Dès le deuxième jour, le microbiote est principalement composé d'Escherichia coli et de Lactobacillus. Puis il change rapidement durant la phase d’allaitement.

Il est donc crucial de penser à orienter « très tôt » la flore qui colonise le tube digestif : dès les premières heures.

C’est pourquoi certaines interventions pratiquées dans les premiers jours de vie pourront être préjudiciables sur le court, moyen et long terme. Pour en savoir plus , consultez l’article « Le Microbiote Digestif du Porcelet : un allié inestimable ».

Les grandes étapes d’évolution du microbiote :

• Premières semaines : le microbiote évolue rapidement, s'adaptant à la digestion du lait maternel.
• Après le sevrage : Il s'adapte à la digestion des céréales et autres aliments solides. (Salidragas (3)).
• Stabilité : avec l'âge, le microbiote devient plus stable, avec une augmentation du nombre et de la variété des bactéries.

Figure : abondance relative des différents genres dans les fèces en relation avec l'âge des porcelets (jour de vie 1, 3, 5, 11, 15, 31, 34 et 38) selon Shrestha et al.2020 (4).

Il est aussi intéressant de noter que la génétique a un impact sur la composition du microbiote (Aliakbari (5)).

Microbiote digestif : transmissible pour partie par les parents

C’est effectivement de façon préférentielle par la mère que le microbiote est transmis chez les mammifères.

On estime que la part de variabilité du microbiote est pour plus de la moitié hérité de ses parents.

Les travaux de Catherine Arzul et de ses collègues (Jordi Estellé et al., JRP 20216 (6)) ont permis de mieux comprendre les paramètres génétiques influençant la composition de ce microbiote et ses interactions avec les caractères immunitaires.

Influence positive de la prévention de la coccidiose sur le microbiote digestif

La publication Shrestha et al.2020 (4) "Shifts in the Fecal Microbial Community of Cystoisospora suis Infected Piglets in Response to Toltrazuril" examine les effets de l'infection par le parasite Cystoisospora suis et d’un traitement aà base de toltrazuril sur le microbiote fécal des porcelets.

L'infection par C.suis engendre des perturbations dans la maturation bactérienne et entraîne une dysbiose, exacerbant la maladie. Un traitement à base de toltrazuril, administré par voie orale ou parentérale, a permis de réduire l'excrétion de parasites et la diarrhée chez les porcelets.

En outre, les communautés microbiennes fécales des porcelets traités étaient plus diversifiées et riches en espèces par rapport aux porcelets non traités. Les effets du traitement sur le microbiote étaient particulièrement visibles pendant la phase aiguë de l'infection et après le sevrage. Les porcelets traités présentaient une abondance accrue de certaines familles bactériennes notamment les Ruminococcaceae et Lachnospiraceae.

Références bibliographiques

• Shokralla S, Spall JL, Gibson JF, Hajibabaei M. Next-generation sequencing technologies for environmental DNA research. Molecular Ecology 2012; 21: 1794±1805. https://doi.org/10.1111/j.1365-294X. 2012.05538.x PMID: 22486820
• Chen X, Xu J, Ren E, Su Y, Zhu W. Co-occurrence of early gut colonization in neonatal piglets with microbiota in the maternal and surrounding delivery environments. Anaerobe. 2018;49:30–40. https:// org/ 10. 1016/j. anaerobe. 2017. 12. 002 (in Salidragas 2023)
• Saladrigas García et al. Animal Microbiome (2022) 4:68 https://org/ 10.1186/s42523-022-00221-9
• Shrestha A, Metzler-Zebeli BU, Karembe H, Sperling D, Koger S and Joachim A (2020) Shifts in the Fecal Microbial Community of Cystoisospora suis Infected Piglets in Response to Toltrazuril. Front. Microbiol. 11:983. doi: 10.3389/fmicb.2020.00983
• Aliakbari A, Zemb O, Billon Y, Barilly C, Ahn I, Riquet J, Gilbert H. Genetic relationships between feed efficiency and gut microbiome in pig lines selected for residual feed intake. J Anim Breed Genet. 2021;138(4):491– 507. https:// org/ 10. 1111/ jbg. 12539.
• Jordi Estellé, Catherine Larzul, Núria Mach, Florence Levenez, Yuliaxis Ramayo-Caldas, et . Microbiote intestinal chez le porc : paramètres génétiques de sa composition et liens avec des caractères immunitaires. 48. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2016, Paris, France. ffhal-02288150f »